Krátké kurzy na 23. Škole MS 2022 (PROGRAM & LEKTOŘI)
SSJMM: Krátké kurzy na 23. Škole MS 2022 (PROGRAM & LEKTOŘI)
PROGRAM Krátké kurzy
NEDĚLE 4. září 2022
14:00 - 15:45 KRÁTKÉ KURZY
- KURZ A - Hmotnostní spektrometrie od A do Z (Miroslav Lísa)
- KURZ B - Hmotnostně spektrometrické zobrazování (Vladimír Vrkoslav, Štěpán Strnad, Lukáš Kučera)
- KURZ C - Proteomika pro začátečníky (Martin Hubálek, Marek Vrbacký)
PŘESTÁVKA NA KÁVU
16:15 - 18:00 KRÁTKÉ KURZY
- KURZ A - Hmotnostní spektrometrie od A do Z – pokračování (Miroslav Lísa)
- KURZ B - Hmotnostně spektrometrické zobrazování - pokračování (Vladimír Vrkoslav, Štěpán Strnad, Lukáš Kučera)
- KURZ C - Proteomika pro začátečníky - pokračování (Martin Hubálek, Marek Vrbacký)
PONDĚLÍ 5. září 2022
8:30 - 10:15 KRÁTKÉ KURZY
- KURZ A - Hmotnostní spektrometrie od A do Z – pokračování (Miroslav Lísa)
- KURZ D - Interpretace API a MALDI hmotnostních spekter (Robert Jirásko)
- KURZ E - Analýza dat v software Graphpad - prakticky, názorně a jednoduše (David Friedecký)
PŘESTÁVKA NA KÁVU
10:45 - 12:30 KRÁTKÉ KURZY
- KURZ D - Interpretace API a MALDI hmotnostních spekter – pokračování (Robert Jirásko)
- KURZ E - Analýza dat v software Graphpad - prakticky, názorně a jednoduše – pokračování (David Friedecký)
- KURZ F - Kapalinová chromatografie nejen v proteomických MS analýzách (Juraj Lenčo)
SSJMM: Krátké kurzy: Přednášející na 23. škole hmotnostní spektrometrie 2022
KRÁTKÉ KURZY Neděle 4. září
KURZ A: Hmotnostní spektrometrie od A do Z (3 x 1:45 hod; kurz bude pokračovat v pondělí dopoledne)
- přednášející: Miroslav Lísa
Cílem kurzu je podat posluchačům základní přehled o nejdůležitějších oblastech moderní hmotnostní spektrometrie v rozsahu kurzů přednášených v analyticky zaměřených studijních programech. První část kurzu bude věnována základním termínům a definicím v hmotnostní spektrometrii, iontům, izotopům a výpočtu hmotností. Druhá část bude věnována přehledu a základním principům důležitých ionizačních technik a hmotnostních analyzátorů v současné hmotnostní spektrometrii. Závěrečná část bude zaměřena především na spojení hmotnostní spektrometrie a separačních technik, jejich principu, výhodám a omezením, základům kvalitativní a kvantitativní analýzy.
Miroslav Lísa je docentem analytické chemie a vedoucím analytické sekce na Katedře chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Hradec Králové. Jeho vědecké aktivity jsou zaměřeny do oblasti separace a hmotnostní spektrometrie malých (bio)molekul. Specializuje se na vývoj nových LC-MS a SFC-MS metod pro cílenou a necílenou analýzu lipidů a polárních metabolitů s aplikací na klinický výzkum zejména v oblasti neurodegenerativních onemocnění. Publikoval řadu vysoce citovaných prací a byl zařazen na seznam 40 nejvlivnějších vědců do 40 let v oboru analytická chemie (Top 40 under 40 list). Mimo jiné na univerzitě vede kurzy separačních metod a hmotnostní spektrometrie pro studenty navazujícího magisterského a doktorského studia.
KURZ B: Hmotnostně-spektrometrické zobrazování (2 x 1:45 hod)
- přednášející: Vladimír Vrkoslav, Štěpán Strnad a Lukáš Kučera
Těžiště kurzu bude v MALDI hmotnostním zobrazování. V první části budou shrnuty poznatky a postupy přípravy vzorků, nanášení matrice, měření a vyhodnocováním MALDI MSI analýz. Následovat bude blok věnovaný praktickým zkušenostem MALDI MSI lipidů, metabolitů a dalších analytů na tkáňových řezech a jiných planárních površích. Závěr bude věnován molekulovému zobrazování s využitím dalších používaných ionizačních technik (DESI, DAPPI, LAESI, atd.).
Vladimír Vrkoslav vystudoval obor analytická chemie na PřF UK (Mgr., PhD.). Nyní zaměstnán na pozici vědeckého pracovníka skupiny hmotnostní spektrometrie UOCHB AV ČR, kde je jeho experimentální práce zaměřena převážně na analýzu lipidů s využitím LC/MS a GC/MS technik, molekulové zobrazování a vývoji nových konstrukčních řešení iontových zdrojů. Absolvoval několik kratších stáží na Institutu Maxe Plancka pro chemickou ekologii v Jeně.
Štěpán Strnad získal v roce 2020 Ph.D. v oboru analytické chemie na VŠCHT Praha. V současnosti je postdoktorandem na Ústavu organické chemie a biochemie Akademie věd České republiky, kde se věnuje lipidomické analýze s využitím hmotnostně spektrometrického zobrazování a LC-MS.
Lukáš Kučera vystudoval farmacii na Univerzitě Karlově v Hradci Králové. Na lékařské fakultě a přírodovědecké univerzitě v Brně se zabýval typizací buněčných linií pomocí techniky MALDI-TOF. V současnosti pracuje v Českém fenotypizačním centru ve Vestci u Prahy (Institutu molekulární genetiky AVČR). Zde se zabývá měřením a analýzou především nízkomolekulárních metabolitů ze široké škály vzorků či tkání, především jako servis pro nejrůznější vědecká pracoviště pomocí techniky MALDI imaging.
KURZ C: Proteomika pro začátečníky (2 x 1:45 hod)
- přednášející: Martin Hubálek a Marek Vrbacký
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve zkrácené formě probereme všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu 2) přípravy vzorku; 3) nastavení podmínek měření a 4) zpracování dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme klást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat.
Martin Hubálek Martin Hubálek se proteomikou zabývá od roku 2002. V současnosti je zodpovědný za proteomické analýzy na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR ve skupině Hmotnostní spektrometrie vedené Josefem Cvačkou. Na katedře analytické chemie PřF UK přednáší proteomiku studentům magisterského a doktorského studia. Vědecky se věnuje posttranslačním modifikacím a strukturní proteomice.
Marek Vrbacký Marek Vrbacký je vědeckým pracovníkem v laboratoři Bioenergetiky na Fyziologickém ústavu AV ČR v Praze. Po studiu chemie a následně biochemie na Přírodovědecké fakultě UK v Praze, obhájil v roce 2005 Ph.D. v programu biochemie na 1. LF UK. Zájem o problematiku studia proteinů mitochondriálního respiračního řetězce si prohloubil odbornými stážemi na Johns Hopkins University v Baltimore a na Stockholmské Univerzitě. Mitochondriální bioenergetiku pro magisterské studenty přednáší na PřF UK v Praze. V roce 2020 spoluzakládal společnou proteomickou servisní laboratoř Fyziologického ústavu a Ústavu molekulární genetiky AV ČR v Krči, které je vedoucím. Vedle studia mitochondriálního proteomu se zaměřuje na obecné aspekty akvizice a analýzy proteomických dat.
KRÁTKÉ KURZY Pondělí 5. září
KURZ D: Interpretace API a MALDI hmotnostních spekter (2 x 1:45 hod)
- přednášející: Robert Jirásko
Kurz bude zaměřen na interpretaci hmotnostních spekter malých molekul naměřených pomocí měkkých ionizačních technik (zejména ESI, APCI a MALDI). V úvodní přednášce budou nastíněny základy a doporučené kroky při interpretaci MS a MS/MS spekter s nízkým i vysokým hmotnostním rozlišením. V druhé časti pak budou probírány názorné příklady interpretace spekter přírodních i syntetických molekul, při kterých budou využity informace získané v první časti kurzu.
Robert Jirásko v současné době pracuje jako odborný asistent ve skupině hmotnostní spektrometrie na Katedře analytické chemie Univerzity Pardubice. Ačkoliv se posledních letech věnuje převážně vývoji a aplikaci UHPLC/ESI-MS a MALDI-MS metod v lipidomice, má bohaté zkušenosti i s měřením a interpretací MS a MS/MS spekter více než tisíce jiných organických a organokovových molekul, které měl možnost během svého téměř dvacetiletého působení na univerzitě analyzovat. Je autorem a spoluautorem více než 90 původních vědeckých článků a kapitol v monografiích a mimo jiné i spoluorganizátor několika předešlých ročníků Školy hmotnostní spektrometrie.
KURZ E: Analýza dat v software Graphpad - prakticky, názorně a jednoduše (2 x 1:45 hod)
- přednášející: David Friedecký
Analýza dat tvoří nezbytnou součást každého vědeckého experimentu. Správné, graficky přehledné vyhodnocení je dnes klíčové pro prezentaci výsledků. Software Graphpad poskytuje uživatelsky komfortní prostředí pro základní i pokročilou statistickou analýzu dat s velmi širokými možnostmi úpravy výstupů, navíc při přívětivé cenové politice. V kurzu se naučíme, jak používat základní statistické nástroje, jak je správně interpretovat a jakým způsobem připravit grafy pro následnou publikaci/prezentaci. Vlastní notebook s nainstalovanou trial/plnou verzí software Graphpad je nezbytný pro maximální požitek. Vlastní data jsou vítána. Na závěr se společně podíváme na vámi dodané publikované práce (dle vašeho výběru) a budeme kriticky hodnotit statistické části. Na toto vše a mnoho dalšího z oblasti analýzy dat se můžete těšit a já s vámi :-)
David Friedecký je docentem analytické chemie na Univerzitě Palackého v Olomouci. Pracuje v Laboratoři dědičných metabolických poruch, Oddělení klinické biochemie, Fakultní nemocnice Olomouc, kde odpovídá za vývoj a supervizi LC/MS metod pro terapeutické monitorování léčiv, diagnostiku dědičných metabolických poruch a rozšířený novorozenecký screening. Jeho vědecké aktivity na Lékařské fakultě zahrnují klinické aplikace metabolomiky, vývoj LC/MS metod a analýzu dat. Publikoval více než 70 vědeckých článků a několik kapitol v momografiích. Mimo jiné obdržel čestné uznání Ministra školství, mládeže a tělovýchovy (TALENT ´98) a ceny České společnosti pro klinickou biochemii za nejlepší publikace (2012, 2013 a 2017).
KURZ VI. Kapalinová chromatografie nejen v proteomických MS analýzách (1 x 1:45 hod)
- přednášející: Juraj Lenčo
Kurz je primárně zaměřený na aspekty, které se týkají separace peptidů a proteinů pomocí kapalinové chromatografie na reverzních fázích ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Diskutovanou problematiku lze snadno extrapolovat také do světa separace malých molekul. Kurz je tedy určen nejen pro začínající proteomiky, ale všechny zájemce, kteří si chtějí osvěžit či rozšířit fundamentální základy kapalinové chromatografie. V první části kurzu bude diskutována role vysokoúčinné kapalinové chromatografie v proteomických analýzách. V další části se účastnící seznámí s vlastnostmi peptidů a proteinů, které jsou důležité pro jejich separaci kapalinovou chromatografií. Třetí část bude věnována faktorům ovlivňujícím celkovou separační účinnost, tzn. kolonovým a mimokolonovým příspěvkům do rozmývání zón a píků. V poslední části kurz budou diskutovány klíčové parametry metod pro kapalinovou chromatografii peptidů a proteinů na reverzních fázích.
Juraj Lenčo se proteomice věnuje od své diplomové práce, kterou vypracoval během let 2001/2002 na Vídeňské univerzitě. Od svého pobytu na Georgetown University ve Washingtonu, DC se primárně věnuje roli kapalinové chromatografie v proteomických analýzách. Od roku 2017 působí na své alma mater, Farmaceutické fakultě v Hradci Králové v rámci týmu STARSS specializovaného na pokročilý výzkum v separačních vědách. Jeho poslední publikované práce se zabývají využitím široce rozšířených chromatografických systémů pracujících v analytických průtocích pro proteomické analýzy, minimalizací vzniku artefaktů během separace peptidů a proteinů pomocí chromatografie na reverzních fázích při vyšších teplotách a analýzou proteinových bioléčiv a jejich konjugátů. Je držitelem dvou cen J. Chmelíka za nejlepší českou proteomickou publikaci.
Generální partneři
Hlavní partneři
Partneři
- Chromservis
- MERCK
- Phenomenex
