25. Škola MS 2024 - den 1
SSJMM: 25. Škola MS 2024 - den 1
Letošní jubilejní 25. ročník Školy hmotnostní spektrometrie byl zahájen v neděli odpoledne prvním blokem krátkých vzdělávacích kurzů, které se věnovaly aktuálním tématům, jako je práce s umělou inteligencí, biostatistika a troubleshooting v MS, stejně jako teoretickým a praktickým aspektům přípravy vzorků pro analýzu.
Tématicky se tento významný ročník nese v duchu omických metod pod heslem „Od hmotnostní spektrometrie k omikám“. Během akce se účastníci seznámili s nejnovějšími aplikacemi v oblasti metabolomiky, lipidomiky a proteomiky, přičemž nechyběla ani témata jako transkriptomika a genomika. Program zahrnuje klíčové přednášky a diskuse o technických pokrocích, včetně hmotnostně-spektrometrického zobrazování.
Na slavnostním zahájením akce David Friedecký a Jan Preisler přivítali účastníky a Josef Cvačka představil nové logo Školy hmotnostní spektrometrie.
V první odborné sekci jsem zhlédli přednášky zaměřené na:
- hmotnostní spektrometrii ve strukturní analýze lipidů
- zpracování dat v open-source platformě Galaxy
- využití hmotnostní spektrometrie při analýze pylových zrn
SSJMM: 25. Škola MS 2024 - den 1
Následovalo slavnostní vyhlášení Ceny Vladimíra Hanuše a přednáška letošního laureáta Vladimíra Havlíčka. Den zakončily technické prezentace na téma „Hvězdné“ hybridní spektrometry (Pragolab) a Agilent GC/MS QQQ 7010D: když jde citlivost s robustností ruku v ruce (Altium International).
Na závěr dne jsme se vrátili do minulosti prostřednicvím filmu “Škola HPLC-MS v Pardubicích, 2003” a vydali se za dobrodružstvím společně s Markem Balickim a přehledem 8 let cestování projektu Záchranář na cestách.
PONDĚLÍ 9. září 2024
11:00 - 13:30 PŘÍJEZD ÚČASTNÍKŮ, REGISTRACE
12:00 - 14:00 OBĚD
14:00 - 14:20 Zahájení 25. Školy hmotnostní spektrometrie
14:20 – 14:30 Představení nového loga Školy hmotnostní spektrometrie
- Josef Cvačka
- Autor loga: Petr Pavelčík
SSJMM: Představení nového loga Školy hmotnostní spektrometrie (Josef Cvačka)
SSJMM/Petr Pavelčík: Nové logo konference Škola hmotnostní spektrometrie (2024)SEKCE I. ZVANÉ PŘEDNÁŠKY A VÝHERCE „MLÁDÍ VPŘED“
- Předsedající: David Friedecký
14:30 – 15:10 Hmotnostní spektrometrie ve strukturní analýze lipidů
doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D. je analytický chemik, vedoucí skupiny hmotnostní spektrometrie v Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. a docent na Katedře analytické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Ve své práci se zaměřuje na strukturní analýzu bioaktivních organických látek a na konstrukci iontových zdrojů pro hmotnostní spektrometrii. Vyvíjí nové metody určování poloh dvojných vazeb a methylového větvení v lipidech a zajímá se o nové strukturní typy lipidů v biologických vzorcích. Působí v několika odborných společnostech a orgánech českých vysokých škol. Je zakladatelem a kurátorem Českého muzea hmotnostní spektrometrie.
15:10 – 15:50 Processing mass spectrometry data of small molecules with Galaxy: Open-source tools, end-to-end workflows and other FAIR resources
- Helge Hecht
Helge Hecht, M.Sc. is currently finalizing his doctoral studies at the Research Centre for Toxic Compounds in the Environment (RECETOX) of Masaryk University in Brno under the supervision of Prof. Jana Klánová and Dr Elliott Price. He studied Games Engineering and Computer Science at the Technical University of Munich, focusing on medical image analysis, scientific computing, and artificial intelligence while working on IT in construction & civil engineering projects as a research assistant. His current work focuses on developing a toolbox for computational functional exposomics. He is active in the global Galaxy community, representing the interests of the (small molecule) mass spectrometry community after also acting as the local organizer for this years Galaxy Community Conference which took place in Brno.
SSJMM: Processing mass spectrometry data of small molecules with Galaxy - Open-source tools, end-to-end workflows and other FAIR resources (Helge Hecht)
15:50 – 16:10 Využití hmotnostní spektrometrie v komplexní analýze pylových zrn
- Petra Krejčí
Mgr. Petra Krejčí je vědeckým pracovníkem ve skupině doc. Petra Bednáře na Katedře analytické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. V rámci své výzkumné činnosti se zabývá analýzou rostlinného materiálu s využitím hmotnostní spektrometrie. Vyvíjí a aplikuje mikromanipulační postupy pro analýzu rostlinných mikrovzorků a mikroobjektů. Podílí se na výzkumu chemického složení a metabolických procesů v osemení hrachu. V současnosti se zaměřuje na studium metabolitů uvolňovaných v průběhu imbibice semen do okolního prostředí a studium fenolických látek a jejich funkční zapojení v metabolických drahách ve vztahu k pigmentaci osemení. Svůj vědecký zájem dále soustředí na analýzu pylových zrn za účelem objasnění jejich chemického složení. Pro mikroanalýzu pylových zrn jsou využívány jak metody přímé hmotnostní spektrometrie (LDI-MS, ASAP-MS), tak i separační techniky ve spojení s hmotnostní spektrometrií (UHPLC/MS). Metabolické profilování rozmanitých druhů pylu je realizováno ve vztahu k taxonomickému členění rostlinných druhů, zbarvení pylu a způsobu přenosu pylu v rostlinné populaci.
SSJMM: Využití hmotnostní spektrometrie v komplexní analýze pylových zrn (Petra Krejčí)
16:10 – 16:40 Přestávka na kávu
SEKCE II. SLAVNOSTNÍ SEKCE: CENA VLADIMÍRA HANUŠE
- Předsedající: René Lenobel
16:40 – 16:55 Vyhlášení ceny
- Jan Preisler
16:55 – 17:25 Přednáška laureáta ceny Vítěz ceny
- Vítěz ceny V. Hanuše
SSJMM: Vyhlášení a přednáška laureáta ceny Vladimíra Hanuše 2024
17:25 – 17:55 „Hvězdné“ hybridní spektrometry
17:55 – 18:25 Agilent GC/MS QQQ 7010D: když jde citlivost s robustností ruku v ruce
- Jitka Zrostlíková (ALTIUM INTERNATIONAL)
19:00 – 20:30 Večeře/raut
20:30 – 20:45 Film pro pamětníky: “Škola HPLC-MS v Pardubicích, 2003”
20:45 – ??? Společenský večer firmy Altium International - Přednáška: Marek Balicki – THE BEST OF z 8 let cestování projektu Záchranář na cestách
PROGRAM Krátké kurzy
Kurzy proběhnou v neděli 8. září 2024 od 14:00 do 18:00 hod. a v pondělí 9. září 2024 od 8:30 do 12:30 hod. Jsou rozděleny do bloků a celková délka jednotlivých kurzů se může lišit. Ceník a registraci na kurzy najdete v záložce "Registrace".
NEDĚLE 8. září 2024
11:00 – 13:30 Příjezd účastníků, registrace
12:00 – 14:00 Oběd
KRÁTKÉ KURZY I.
15:30 – 16:00 Přestávka na kávu
14:00 – 15:30
16:00 – 17:30
KURZ A: UMĚLÁ INTELIGENCE – možnosti a nástrahy (P. Kasík)
KURZ B: Biostatistika pro začátečníky (D. Friedecký)
19:00 – 20:30 Večeře/raut
20:30 – ??? Společenský večer firmy Pragolab „Hmotníkáři sobě“ – Hospodský kvíz nej o Škole hmotnostní spektrometrie
PONDĚLÍ 9. září 2024
08:00 – 08:30 Příjezd účastníků, registrace
KRÁTKÉ KURZY II.
10:15 – 10:45 Přestávka na kávu
08:30 – 10:15
10:45 – 12:30
KURZ C: Biostatistika pro pokročilé (D. Friedecký)
KURZ D: Troubleshooting v hmotnostní spektrometrii (Tomáš Korba, Ondřej Kotland, Ondřej Lacina, Zdeněk Spáčil, Radim Kruliš)
KURZ E: Proč je nutná příprava vzorků před LC-MS analýzou? (L. Nováková)
NEDĚLE 8. září 2024
KURZ A: UMĚLA INTELIGENCE - možnosti a nástrahy
- 2x 1:30 hod; neděle 14:00-15:30, 16:00-17:30)
- přednášející: Pavel Kasík, Aleš Kvasnička
Jak efektivně a srozumitelně komunikovat? Tuto otázku si Pavel Kasík, coby vědecký novinář, klade každý den. Píše o technologických novinkách pro Seznam Zprávy, ve svých analýzách klade důraz na srozumitelnost, zajímavost a užitečnost pro čtenáře. Také přednáší na vysokých školách o tom, jak psát o vědě a jak komunikovat s novináři. V poslední době se věnuje především vysvětlování možností a nástrah generativní umělé inteligence. Na workshopu ukáže na konkrétních praktických ukázkách osm základních využítí generativní AI pro vědce: asistence s textem, přizpůsobení textu publiku, pokročilé překládání, poloautomatická korespondence, datová analýza, programování vlastních nástrojů, vizuální inspirace a brainstorming. Účastníci dostanou ochutnávku toho, co funguje, zasmějí se ukázkám a trapasům, kde AI nadělala víc škody než užitku. Společně s přednášejícím budou hledat, jak tyto možnosti smysluplně zapojit v různých oblastech pracovního i osobního života.
Přednášející: Pavel Kasík je vědecký novinář, analytik, lektor a konzultant. Jeho mediální praxe a akademický výzkum se zaměřují na komunikaci o vědě a technice. Přednáší na vysokých školách o psaní o vědě a komunikaci s novináři. Věnuje se také vysvětlování možností a nástrah generativní umělé inteligence, např. ve svém seriálu “Hrajeme si s AI”. Píše pro Seznam Zprávy a dlouhodobě se zajímá o umělou inteligenci, popularizaci vědy, kognitivní omyly a webové technologie.
Přednášející: Aleš Kvasnička
SSJMM: UMĚLÁ INTELIGENCE – možnosti a nástrahy (P. Kasík)
KURZ B: Biostatistika pro začátečníky
- 2x 1:45 hod; neděle 14:00-15:45, 16:15-18:00
- přednášející: David Friedecký
V letošním roce se společně podíváme na volně dostupný freeware „Jasp“, který poskytuje silný a uživatelsky přívětivý nástroj pro komplexní statistickou analýzu. Mimo popisné statistiky a testování hypotéz si vyzkoušíme kalkulaci síly studie například do grantové aplikace. Anebo jak správně určit dostatečný počet vzorků pro náš experiment, abychom dostali odpovědi na naše otázky. Kromě numerických výstupů se se také zaměříme na porozumění grafů, které nám jednotlivé testy poskytují.
Přednášející: David Friedecký je analytickým chemikem a profesorem lékařské chemie a biochemie na Univerzitě Palackého v Olomouci. Má více než 20 let zkušeností v rutinních diagnostických laboratořích. Jeho odborníkem na aplikace kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie při analýze malých molekul. Vyvinul nebo se podílel na vývoji mnoha metod FIA-MS a LC-MS, které našly uplatnění v národním screeningu novorozenců, druhé fázi diagnostiky a terapeutického monitorování léků. V současnosti je vedoucím Oddělení klinické biochemie, Fakultní nemocnice Olomouc. Vědecky se jeho tým Clinical Mass Spectrometry Group na Lékařské fakultě Univerzity Palackého v Olomouci zabývá aplikací klinické metabolomiky a lipidomiky při pochopení patobiochemie chorob (především kardiovaskulárních a neurodegenerativních onemocnění, rakoviny či hyperurikemie a dny), nebo ve vývoji pokročilých multikomponentních metod, které nacházejí uplatnění v klinické praxi.
SSJMM: Biostatistika pro začátečníky a pokročilé (D. Friedecký)
PONDĚLÍ 9. září 2024
KURZ C: Biostatistika pro pokročilé
- 2x 1:45 hod; pondělí 8:30-10:15, 10:45-12:30
- přednášející: David Friedecký
V dalším kurzu Biostatistiky budeme pokračovat pokročilými metodami statistické analýzy, které lze aplikovat na naše data. Prozkoumáme možnosti, které nám poskytuje „Receiver Operating Characteristcs“ při hodnocení klinické efektivity laboratorních testů. Společně se pokusíme porozumět analýze přežití a dalším vybraným statistickým metodám jako např. diskriminační analýza, logistická regrese. Bude možnost vyzkoušet statistickou analýzu na vlastních datech a diskutovat různé situace, se kterými se potkáváme. Mimoto si prohlédneme si ukázky statistického hodnocení ve vybraných publikacích.
KURZ D: Troubleshooting v hmotnostní spektrometrii
- 2x 1:45 hod; pondělí 8:30-10:15, 10:45-12:30
- přednášející: Tomáš Korba, Ondřej Kotland, Radim Kruliš, Ondřej Lacina
Jaké problémy trápí uživatele nízkorozlišovacích (kvadrupólů nebo iontových pastí) nebo vysokorozlišovacích hmotnostních analyzátorů (TOF nebo Orbitrapů)? Např. výběr nesprávných fragmentů při optimalizaci MRM, ztráta odezvy přístroje, ověření kalibrace MS, stabilita hmot m/z, kontaminace a vysoké pozadí v LC-MS režimu (v důsledku kontaminace mobilních fází) nebo interference na MS záznamu ve stejném retenčním čase. Některé problémy jsou společné pro všechny uživatele, jiné jsou individuální podle typu MS analyzátorů a výrobce. Společně s aplikačními specialisty a servisními techniky budeme hledat správné řešení na problémy a výzvy, které nám každodenní laboratorní praxe přináší.
Přednášející: Tomáš Korba je aplikační specialista ve společnosti AMEDIS.
Přednášející: Ondřej Kotland je součástí týmu společnosti Waters (ČR). Jeho odbornost spočívá v oblasti datové podpory, kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie.
Přednášející: Radim Kruliš je servisním technikem ve společnosti Pragolab a věnuje se HPLC, IC a LC-MS.
Přednášející: Ondřej Lacina je aplikační specialista v společnosti Altium.
SSJMM: Troubleshooting v hmotnostní spektrometrii (Ondřej Kotland)
KURZ E: Proč je nutná příprava vzorků před LC-MS analýzou?
- 2x 1:45 hod; pondělí 8:30-10:15, 10:45-12:30
- přednášející: Lucie Nováková
Příprava vzorku je klíčovým krokem analytického postupu, a to přes všechny výhody současné pokročilé LC-MS instrumentace. Tento klíčový krok může napomoci vyřešit problémy způsobené interferencemi s matricí, nízkými koncentracemi analytů a je prevencí potenciální kontaminace přístrojového vybavení. Použitím technik extrakce, purifikace a zakoncentrování příprava vzorků nejen zvyšuje analytickou citlivost, ale také minimalizuje šum pozadí, čímž zajišťuje spolehlivé a reprodukovatelné výsledky. Kromě toho zajišťuje stabilitu analytu a optimalizuje kompatibilitu s LC-MS přístroji. V rámci krátkého kurzu se podíváme na praktické i teoretické aspekty různých metod přípravy vzorku pro analýzu a nabité znalosti si vyzkoušíme na praktických příkladech.
Přednášející: Lucie Nováková je profesorkou na Katedře analytické chemie Univerzity Karlovy, Farmaceutické fakulty v Hradci Králové. Její výzkum je orientován na rychlé chromatografickétechniky LC a SFC, a jejich spojení s hmotnostní spektrometrií. Je zapojena do široké škály výzkumných projektů zaměřených na farmaceutickou analýzu, analýzu rostlin a bioanalytické metody. Důležitá část jejího výzkumu proto spočívá také v přípravě vzorku, kde je kladen důraz na současné trendy umožňující usnadnění, miniaturizaci, redukci času a náročnosti zpracování. Publikovala asi 150 vědeckých článků s více než 5300 citacemi a je široce zapojena do pedagogických a vzdělávacích aktivit, jako jsou školení HPLC a SFC, semináře a konference.
SSJMM: Proč je nutná příprava vzorků před LC-MS analýzou. (Lucie Nováková)
Kurzy jsou nabízeny pouze účastníkům Školy MS a nelze se na ně přihlásit odděleně, bez další účasti na Škole MS.
