24. Škola hmotnostní spektrometrie 2023
OREA Resort Devět Skal
Vážení a milí příznivci hmotnostní spektrometrie,
rád bych Vás jménem Spektroskopické společnosti Jana Marka Marci a organizačního výboru pozval na další ročník Školy hmotnostní spektrometrie, který se uskuteční ve dnech 10. – 15. září 2023 v resortu Devět Skal na Vysočině.
Škola hmotnostní spektrometrie je odborná vzdělávací akce pořádaná od roku 1986, která vedle zajímavých přednášek a kurzů nabízí i nespočet příležitostí k přátelským setkáním a diskusím. Letošní ročník se bude držet tradičního schématu s programem, který zahrnuje krátké kurzy, odborné přednášky, plakátová sdělení i volné středeční odpoledne pro relaxaci a poznávání okolí. V letošním roce si připomínáme 100 let od narození Vladimíra Hanuše, jednoho ze zakladatelů české a československé hmotnostní spektrometrie. Předání Ceny Vladimíra Hanuše za nejlepší publikovanou práci v oboru hmotnostní spektrometrie bude proto předcházet vzpomínková přednáška na tohoto mimořádného člověka a vědce. V programu Školy nebude chybět sekce „Mládí vpřed!“ věnovaná prezentacím mladých výzkumníků. V neděli a pondělí proběhnou krátké kurzy zaměřené na:
- interpretaci spekter EI
- základy ICP-MS
- základy proteomiky
- řešení problémů v LC-MS
- vyhodnocování dat v proteomice
- hmotnostní spektrometrii bioléčiv
Hlavní odborný program bude věnován aktuálním tématům z oblasti hmotnostní spektrometrie malých molekul i biomakromolekul. Probíraná budou i méně tradiční témata jako je například urychlovačová hmotnostní spektrometrie a datování vzorků. Detaily programu konference budou zveřejněny později, již nyní se však můžete těšit na úvodní přednášku prof. Achille Cappiella z univerzity v Urbinu, který se dlouhodobě věnuje vývoji LC-MS. Věříme, že program bude atraktivní pro nováčky i pokročilé, a že letošní ročník Školy bude opět skvělou příležitostí pro předávání znalostí, zkušeností a navazování osobních kontaktů.
Těšíme se na viděnou v OREA resortu Devět Skal na Vysočině!
Za organizátory
doc. RNDr. Josef Cvačka, Ph.D.
HLAVNÍ PROGRAM
Program bude doplněn později.
POZVANÝ ZAHRANIČNÍ PŘEDNÁŠEJÍCÍ
prof. Achille Cappiello
Achille Cappiello je profesorem analytické chemie na univerzitě v Urbinu v Itálii, kde působí od roku 1987. Koncem osmdesátých let absolvoval postdoktorskou stáž na Massachusettském technologickém institutu u profesora Klause Biemanna. Po návratu na Urbinskou universitu založil a vedl laboratoř, která se stala centrem pro vývoj nových metod a technik v oblasti LC-MS. Prof. Cappiello se dlouhodobě věnuje spojení kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie. Zabývá se vývojem instrumentace, zejména LC-MS s využitím elektronové ionizace. Mezi jeho vědecké zájmy dále patří vývoj LC-MS metod, příprava mikro- a nano-HPLC kolon a metody úpravy vzorků. Spolupracuje s významnými výrobci přístrojů, je autorem několika patentů. Organizuje konference a doktorandské školy pro studenty v oboru chromatografie a hmotnostní spektrometrie, zajímá se o podporu mezinárodních výměn a spolupráce. Je členem redakční rady časopisu Mass Spectrometry Reviews.
UNIAMO BOLGAZINE: prof. Achille Cappiello
Generální partneři
Hlavní partneři
Partneři
- Chromservis
- MERCK
Mediální partneři
KRÁTKÉ KURZY
Kurzy proběhnou v neděli 10. září od 14:00 do 18:00 hod. a v pondělí 11. září od 8:30 do 12:30 hod. Jsou rozděleny do bloků a celková délka jednotlivých kurzů se může lišit. Ceník a registraci na kurzy najdete v záložce "Registrace".
Neděle 10. září
KURZ A: Interpretace spekter (4 x 1:45 hod; kurz bude pokračovat v pondělí dopoledne)
- přednášející: Miroslav Polášek
Kurz interpretace EI spekter – sylabus.
- Úvod do problematiky interpretace hmotnostních spekter
- Základní mechanizmy fragmentačních reakcí při elektronové ionizaci
- Intenzivní cvičení na vybraných příkladech hmotnostních spekter elektronové ionizace různých tříd organických sloučenin, které bude probíhat v duchu elementární didaktické zásady postupu od jednoduchého ke složitějšímu s maximálním důrazem na samostatnou práci účastníků
KURZ B: Základy ICP-MS (2 x 1:45 hod)
- přednášející: Tomáš Pluháček
Hmotnostní spektrometrie s indukčně vázaným plazmatem (ICP-MS) je bezpochyby nejrozšířenější metodou prvkové analýzy, která našla uplatnění nejen ve většině vědních oborů, ale i rutinní analytické praxi. První část kurzu bude zaměřena na historii, teoretické základy ICP-MS, popis současné instrumentace a interferencí. Dále na možnosti spojení s analytickými technikami, kde ICP-MS slouží jako citlivý prvkově/izotopově specifický detektor. Druhá část bude věnována praktickým ukázkám přípravy vzorků (roztoková analýza, přímá analýza vzorků pevného skupenství, speciační analýza apod.), strategii vývoje a validací ICP-MS metod a v neposlední řadě přístupům k vyhodnocení a interpretaci výsledků. Součástí bude i ukázka rutinního využití ICP-MS pro analýzu prvkových nečistot dle lékopisných požadavků (kontrolní laboratoř R-lab).
KURZ C: Základy proteomiky (2 x 1:45 hod)
- přednášející: Karel Harant a Alena Křenková
Základy proteomiky 1: Návrh designu proteomického experimentu a příprava vzorků pro LC/MS analýzu
Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut.
Základy proteomiky 2: Kvantitativní a statistická analýza naměřených dat
Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat.
Pondělí 11. září
KURZ D: řešení problémů v LC/MS (2 x 1:45 hod)
- přednášející: Roman Grabic
Kurz bude zaměřen na řešení problémů s LC/MS a LC/HRMS, se kterými se setkáváme při instalaci přístrojů, vývoji metod, rutinním provozu a haváriích. Přednášky jsou souborem zkušeností uživatele GC/LC/MS za 30 let analýzy širokého rozsahu nízkomolekulárních analytů na stopové úrovni v komplexních matricích. Od popisu a řešení problémů spojených s přístrojovým vybavením se dostaneme k metodám jako celku (chromatografie vs. MS, předúprava vzorků, interference ze slepých pokusů, interference z matrice) a dále k neméně důležité části zpracování dat. Součástí kurzu bude i kapitola, jak problémům předcházet (na základě vlastních těžce získaných zkušeností) nebo minimalizovat jejich dopad.
KURZ E: Pokročilé vyhodnocování dat v proteomice (1 x 1:45 hod)
- přednášející: David Potěšil a Kristína Gömöryová
V tomto kurzu se zaměříme na analýzu dat v prostředí R, s využitím knihovny DEP (Differential Enrichment analysis of Proteomics data). Podobně jako v Základech proteomiky 2 si ukážeme základní kroky procesování (transformace, filtrování, normalizace, imputace, statistické vyhodnocení) a naučíme se, jak data vizualizovat a vytvářet reprodukovatelné a interaktivní reporty. Kromě DEP knihovny budou ve zkratce představeny i další balíčky (např. QFeatures), umožňující pokročilou analýzu MS dat. V poslední části kurzu se budeme věnovat nástrojům, které umožňují biologickou interpretaci získaných výsledků (např. STRING, REACTOME, gprofiler2). Ke kurzu budou k dispozici modelová data, na kterých si analýzu vyzkoušíme.
KURZ F: Bioléčiva pohledem hmotníkáře (1 x 1:45 hod)
- přednášející: Martin Hubálek a Juraj Lenčo
Kurz má za cíl představit bioléčiva, která se stávají stále významnější součástí farmakoterapie závažných onemocnění. Pro kontrolu jejich kvality ve farmaceutickém průmyslu hraje důležitou roli hmotnostní spektrometrie. Uvedeme posluchače do problematiky bioléčiv, kterými jsou v tomto pohledu peptidy, proteiny, monoklonální protilátky nebo oligonukleotidy. Z pohledu analytika se zaměříme především na protilátková léčiva, podíváme se na možnosti jejich separace a analýzy pomocí hmotnostní spektrometrie, a to na úrovni intaktních proteinových molekul, protilátkových podjednotek nebo peptidů.
Přednášející KRÁTKÉ KURZY
Kristína Gömöryová vystudovala Molekulární biologii a genetiku na Masarykovy univerzitě a na PhD se nyní zabývá využitím hmotnostní spektrometrie pro analýzu buněčných signalizací (zejména Wnt dráhy) ve skupině prof. Vítězslava Bryji. Pro analýzu dat využívá zejména proteomické knihovny v rámci prostředí R a taktéž docker softwarový kontejner s aplikací KNIME na jehož vývoji se podílí. V roce 2022 získala OpenMS fellowship, díky kterému mohla vyjet na stáž do skupiny prof. Laurenta Gatto v Belgii, kde se věnovala analýze DIA dat s využitím R balíčku QFeatures. Od roku 2022 taktéž vyučuje Analýzu dat v R pro experimentální biology na MUNI.
Roman Grabic je docentem na Fakultě rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Přednáší v kurzech chemie životního prostředí, analýzy environmentálních rizik a environmentální analytické chemie. Profesní kariéru zahájil v roce 1993 ve Zdravotním ústavu v Ostravě GC/MS, po 15 letech se pak přes dvouletý pobyt na oddělení chemie životního prostředí Univerzity Umea ve Švédsku dostal k LC/MS. Je autorem a spoluautorem 180+ článků, které se zabývají aplikací GC/LC/MS ve výzkumu životního prostředí. V současnosti se nejvíce věnuje osudu a vlivu kontaminantů v životním prostředí a identifikaci endokrinních disruptorů pomocí efektově zaměřených analýz a LC/HRMS.
Karel Harant absolvoval v roce 2004 na Katedře genetiky a mikrobiologie Přírodovědecké fakulty UK. Od roku 2012 je zaměstnán v Proteomické servisní laboratoři biologické sekce PřF UK. V roce 2014 založil a do současnosti vede Proteomickou servisní laboratoř v Centru Biocev. Laboratoř se zaměřuje na bottom up proteomiku od designu experimentu, přípravu vzorků, LC/MS analýzu a vyhodnocení získaných dat. V laboratoři získaná data byla za dobu fungování laboratoře součástí více než 125 publikací.
Martin Hubálek se proteomikou zabývá od roku 2002. V současnosti je zodpovědný za proteomické analýzy na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR ve skupině Hmotnostní spektrometrie. Součástí jeho práce je také analýza celých proteinů včetně měření protilátkových léčiv. Na katedře analytické chemie PřF UK přednáší proteomiku studentům magisterského a doktorského studia. Vědecky se věnuje posttranslačním modifikacím a strukturní proteomice.
Alena Křenková získala PhD. v oboru biochemie na Přírodovědecké fakultě UK v roce 2013. Od roku 2018 pracuje na Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR ve skupině Hmotnostní spektrometrie. Zaměřuje se zejména na kvantitativní a statistickou analýzu proteomických dat.
Tomáš Pluháček je odborným asistentem na Katedře analytické chemie Přírodovědecké fakulty Univerzity Palackého v Olomouci. Jeho vědecké aktivity zahrnují využití technik molekulové a anorganické hmotnostní spektrometrie (např. ESI-MS/MS, ICP-MS, LA-ICP-MS, HPLC‑ICP-MS, CE-ICP-MS) v klinické, forenzní a farmaceutické analýze nebo analýze vzorků životního prostředí a kulturního dědictví. Od roku 2017 zastává také pozici vedoucího kontrolní laboratoře R-lab zaměřené na kontrolu kvality farmaceutické výroby v režimu správné výrobní praxe.
Miroslav Polášek se začal zbývat hmotnostní spektrometrií v roce 1991 v tehdejším Ústavu fyzikální chemie a elektrochemie J. Heyrovského, Československé akademie věd, kde do roku 1998 pracoval po boku dr. Vladimíra Hanuše a pod jeho laskavým vedením postupně pronikal do tajů objasňování struktury organických sloučenin pomocí metod hmotnostní spektrometrie. Po dvouleté stáži v USA ve skupině prof. F. Turečka se vrátil zpět na ÚFCH JH, kde působí dodnes. Ve své současné výzkumné práci mj. kombinuje experimentální a teoretický přístup ke studiu fundamentálních aspektů fyziky a chemie iontů v plynné fázi, zejména iontově-molekulových reakcí a fragmentací molekulových iontů.
David Potěšil vystudoval obor Analytická chemie v magisterském a následně i doktorandském programu na Masarykově univerzitě v Brně. Již během PhD studia se začal věnovat problematice proteomické analýzy ve skupině prof. Zdráhala. Ve stejné skupině se od té doby věnoval jak samotné LC-MS instrumentaci, tak i akvizici, vyhodnocování a interpretaci LC-MS dat. Aktuálně je zodpovědný za LC-MS sekci Proteomické centrální laboratoře CEITEC a v rámci Výzkumné skupiny Proteomika se věnuje mimo jiné reprodukovatelné analýze LC-MS dat a vývoji softwarového kontejneru a přidružených modulů. Vyučuje kurzy bioinformatiky a vyhodnocování LC-MS dat na MUNI.
PLAKÁTOVÁ SDĚLENÍ A SEKCE "MLÁDÍ VPŘED"
I během letošního ročníku budou moci mladí výzkumníci prezentovat své výsledky ve formě plakátových sdělení nebo formou krátké přednášky, a to v délce 12 min. (+ 3 min. diskuse). Postery bude možné vyvěsit po zahájení Školy v pondělí odpoledne a budou vystaveny po celou dobu akce. Jejich prezentaci bude věnován vyhrazený čas v programu a podmínkou k jejich přijetí je využití hmostnostní spektrometrie.
V průběhu závěrečné přednášky budou vyhodnocena 3 nejlepší plakátová sdělení, která budou oceněna „Cenou za nejlepší plakátové sdělení“ a 1 nejlepší přednáška oceněna „Cenou za nejlepší přednášku v sekci Mládí vpřed“. Výherce "Ceny za nejlepší přednášku v sekci Mládí vpřed" získává hrazenou účast na 25. Škole hmotnostní spektrometrie 2024, výherce nejlepšího posteru získává hrazený registrační poplatek na příští Školu hmotnostní spektrometrie v roce 2024. Hodnocení provede odborná komise složená z odborníků v oblasti hmotnostní spektrometrie a zástupce sponzora.
Sponzorem soutěže o nejlepší plakátové sdělení a soutěže o nejlepší přednášku v sekci "Mládí vpřed" je společnost Pragolab.