Mnova Gears – Affinity Screen (Starting Guide)

Význam tématu

Affinity Selection Mass Spectrometry (AS-MS) představuje klíčovou technologii pro studium interakcí protein-ligand. Díky automatizované analýze dokáže zvýšit rychlost a objektivitu vyhledávání potenciálních ligandů, snížit ruční zásah a urychlit vývoj nových farmaceutických molekul.

Cíle a přehled studie / článku

Průvodce popisuje instalaci a použití softwaru Affinity Screen v rámci Mnova Gears pro automatickou detekci, zpracování a hodnocení LC-MS dat AS-MS experimentů. Cílem je ukázat kompletní workflow od přípravy vstupních dat až po interaktivní vizualizaci výsledků.

Použitá metodika a instrumentace

Software Affinity Screen funguje jako plugin pro Mnova MSChrom (verze ≥15.0) a Mgears (verze ≥2.5). Workflow zahrnuje:

• Instalaci pluginu v Mnova prostředí.
• Načtení LC/MS dat (z disku, databáze či real-time záznamu).
• Skupinování vzorků (bound, unbound, reference) pomocí regulárních výrazů.
• Nastavení EIC extrakce, detekce špiček a párování molekul dle m/z a RT.
• Definici rolí vzorků a vlastních skórovacích funkcí.
• Konfiguraci kvalitativních kontrol pokrývajících překryvy m/z, vícenásobné špičky a chybějící signály.
• Generování výstupních formátů: HTML zpráva, Mnova dokument, PDF a CSV.

Hlavní výsledky a diskuse

Affinity Screen automaticky identifikuje a kvantifikuje peaky potenciálních ligandů ve třech rolích a vypočítá skóre vazby podle uživatelem definovaných funkcí. Generuje přehledné grafy počtu ligandů, matchů a hitů, kontrolní diagramy kvality a interaktivní Mgears i Affinity Screen Viewer pro detailní revizi jednotlivých pojmenovaných spojení.

Přínosy a praktické využití metody

• Úspora času a snížení chybovosti zásluhou automatizace zpracování a reportingu AS-MS dat.
• Flexibilní nastavení pro různé experimentální formáty a typy ligandu.
• Snadná integrace do stávajících pracovních postupů ve vývojových laboratořích a QA/QC odděleních.
• Interaktivní vizualizace výsledků s možností manuálního zásahu a opětovného přepočtu.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozvoj strojového učení pro zlepšené párování a scoring, integrace dat z jiných analytických technik (např. HDX-MS, NMR) a zlepšené vizualizační nástroje pro multi-omics přístupy. Dále lze očekávat cloudové řešení pro sdílení a hromadnou analýzu dat napříč výzkumnými týmy.

Závěr

Affinity Screen v Mnova Gears nabízí robustní a přehledné řešení pro analýzu AS-MS dat. Díky modulárnímu nastavení, podpoře kvalitativních kontrol a interaktivnímu reportingu je vhodný pro akademický i průmyslový výzkum protein-ligand interakcí.

Reference

V textu nebyly uvedeny konkrétní literární odkazy.