Agilent MassHunter Qualitative Data Analysis - Spectrum Functions
Souhrn
Význam tématu
Masová spektrometrie a kvalitativní analýza představují klíčové metody v analytické chemii pro identifikaci a charakterizaci látek. Softwarové nástroje jako Agilent MassHunter Qualitative Analysis usnadňují zpracování chromatogramů a hmotnostních spekter, poskytují robustní funkce pro extrakci, kalibraci, anotaci i reportování, což zvyšuje efektivitu a přesnost laboratorní práce.
Cíle a přehled studie / článku
Prezentace se zaměřuje na představení hlavních vlastností softwaru MassHunter Qualitative Analysis verze B.07.00. Hlavní cíle zahrnují:
- revizi funkcí pro práci s chromatogramy a spektrogramy
- ukázku metod extrakce a průměrování spekter
- popis subtrakce pozadí a přesné kalibrace s využitím izotopových modelů
- nástroje pro vytváření anotací chromatogramů a spekter
- možnosti generování přizpůsobených reportů a správy výsledných souborů
Použitá metodika a instrumentace
Analýza je realizována pomocí softwaru Agilent MassHunter Qualitative Analysis Software B.07.00. Klíčové moduly zahrnují:
- funkce Spectral Display pro vizualizaci spekter
- nástroje pro extrakci jednotlivých i průměrných spekter
- možnosti subtrakce manuálního pozadí a automatické recalibrace hmotnostních dat
- anotační nástroje pro text, grafiku a delta mass caliper
- reportingové šablony pro Excel (xltx) a PDF (xslt)
- správu výsledků a archivaci ve formátu QualResult.bin
Hlavní výsledky a diskuse
Prezentované funkce umožňují:
- interaktivní zobrazení a uložení spektrálních výsledků
- automatickou extrakci spekter z integrovaných chromatografických píků
- efektivní subtrakci pozadí a korekci kalibrace pro přesná m/z data
- filtraci píků a přizpůsobení výstupu tabulek s relativní abundancí
- generování komplexních reportů a archivaci kompletních dat v jediném souboru
Přínosy a praktické využití metody
Softwarová platforma výrazně zrychluje zpracování kvalitativních MS dat, minimalizuje manuální zásahy, zajišťuje reprodukovatelné výsledky a usnadňuje sdílení dat formou přehledných reportů. Je vhodná pro farmaceutický průmysl, proteomiku, environmentální a potravinářské analýzy.
Budoucí trendy a možnosti využití
Vývoj směřuje k integraci strojového učení pro automatickou interpretaci spekter, cloudovým řešením pro sdílení a zálohování dat, rozšířeným uživatelským rozhraním a lepší kompatibilitě s laboratorními informačními systémy (LIMS). Očekává se také podpora nových ionizačních technik a rozšířená funkcionalita pro celulární a biomolekulární analýzy.
Závěr
Agilent MassHunter Qualitative Analysis B.07.00 nabízí ucelenou a flexibilní sadu nástrojů pro kvalitativní vyhodnocení MS dat. Díky pokročilým funkcím extrakce, kalibrace, anotace a reportování představuje efektivní řešení pro širokou škálu analytických aplikací.
Reference
V textu nejsou uvedeny explicitní literární reference.
Obsah byl automaticky vytvořen z originálního PDF dokumentu pomocí AI a může obsahovat nepřesnosti.
Agilent MassHunter
Qualitative Data
Analysis
Presenters: Howard Sanford
Stephen Harnos
MassHunter Qualitative Analysis
Spectrum Functions
MassHunter Webinar Series
1
MassHunter Qualitative Analysis Software B.07.00
Topics
• Review Chromatogram Functions
• Spectrum Functions
- Spectral Display
- Extract a Spectrum and Averaging
- Background Subtraction (MS Spectrum)
• Accurate Mass Considerations
- Isotopic Model
• Spectrum Peak List
• Annotation
- Text and Graphics
- Anchoring and Floating
• Report Generation
- Analysis and Compound Reports
• File Save Options
• Tools
• Training Resources
2
MassHunter Webinar Series
Mass Spectral Display Options
3
MassHunter Webinar Series
Spectra Display – MS Spectrum Results
When the Spectrum Results tool is
selected, the spectrum is displayed and
sent to the Data Navigator. The
selected spectrum can be saved with
the data file.
Spectrum Results Selected
4
MassHunter Webinar Series
Spectrum Display - Preview
When Spectrum Preview
is selected, spectra are
not saved to the Data
Navigator automatically.
Preview
Easily preview spectra
before saving to the
Data Navigator.
5
MassHunter Webinar Series
Add Preview Spectrum to Results
•Right-click
•Select Copy to User Spectra
6
MassHunter Webinar Series
Extract Single Scan Spectrum
Extract Spectra
•Double-click on data
point.
•Right-click on data
point then, Extract
Spectrum.
7
MassHunter Webinar Series
Extract Averaged Spectra
Use Select Range tool
then drag across region
for spectral averaging.
Double-click to view aver-
aged spectrum.
8
MassHunter Webinar Series
Background Subtraction for Manual Spectra
Use the Ctrl Key
to average multiple
range selections then
Extract Spectrum.
Change manual spectrum
background to Current
background spectrum
.
9
MassHunter Webinar Series
Background Subtraction for Manual Spectra
Description indicates
subtraction occurred.
Extract Spectrum
10
MassHunter Webinar Series
Extract Peak Spectrum
Extract an averaged spectrum
from a chromatographic peak
automatically. Must integrate
to define chromatographic peaks.
Integrate the chromatogram
to locate chromatographic
peaks. Four step process.
11
MassHunter Webinar Series
Extract Peak Spectrum
Set up Peak Spectra
Extraction
Enable Peak Select tool.
Double-click on peak.
12
MassHunter Webinar Series
Extract Peak Spectra Automatically
Select Integrate and Extract
Peak Spectra
from the menu.
Spectra Results from each Integrated Peak
13
MassHunter Webinar Series
Considerations for Accurate Mass Data
Using Extract Peak Parameters – Saturation
Change 5%
Change 20%
For very narrow
chromatographic peaks
that are completely
saturated you may
have to turn this
function off or error
occurs: No Data
Found.
14
MassHunter Webinar Series
Using Extract Peak Parameters – Isotope Model
Chose Isotope model that
Corresponds to workflow.
Common organic molecules
Peptides
Unbiased
Glycans
For Small Molecule Applications: Set to 2
For High Molecular Weight Apps: Uncheck or Max 10
15
MassHunter Webinar Series
Extract Spectra – Peak Filters
16
MassHunter Webinar Series
Context Sensitive Help
?
17
MassHunter Webinar Series
Walk Chromatogram
Walk Chromatogram
Use left and right
arrows on keyboard
to step through
spectra.
18
MassHunter Webinar Series
MS Spectrum Peak List One
•Right-click spectrum.
•MS Spectrum Peak List One.
•Tool is also available.
19
MassHunter Webinar Series
MS Spectrum Peak List Two
• CRTL click at 2nd spectrum
•MS Spectrum Peak List Two
•Tool is also available.
20
MassHunter Webinar Series
MS Spectrum Peak List
For relative abundance,
right-click table header.
and Add/Remove
Columns
. Select
desired columns.
21
MassHunter Webinar Series
MS Spectrum Peak Filter
Only affects MS Peaks
table.
22
MassHunter Webinar Series
MS Spectrum Peak Filter Interactive Setup
23
MassHunter Webinar Series
• Position the
cursor at the
location for the
threshold.
• Right click and
select Adjust
Peak
Threshold
.
Accurate Mass Considerations
How to Recalibrate a Mass Spectrum
Use on User Spectra only.
Do not background subtract.
Right-click in MS Spectrum Results
window and select Recalibrate.
Calculates and applies new calibration
to highlighted spectra.
Select to apply current
recalibration to highlighted spectra.
Saves new calibration to highlighted
spectra.
24
MassHunter Webinar Series
Save new calibration to whole
datafile.
Restores original calibration.
Let’s take a moment
for chat questions
on Working with
Mass Spectra
Up Next:
Demo
Up Next:
Annotation Functions
Annotation of Chromatograms and Spectra
27
MassHunter Webinar Series
Place Graphic into Annotation Mode
•Click Annotation Mouse Tool
•Annotation Toolbar and Annotation cursor appear
28
MassHunter Webinar Series
Add a Text Annotation
29
MassHunter Webinar Series
Text and Pointer Can Be Repositioned
30
MassHunter Webinar Series
Image Annotation
• Same steps as adding Text
• JPEG and MOL (molecular structure) files are supported
• Image may be scaled and pivoted
31
MassHunter Webinar Series
Anchored vs. Floating Annotation
32
MassHunter Webinar Series
Delta Mass Caliper
•New tool to calculate and display mass differences between two ions.
Drag and drop
33
MassHunter Webinar Series
Delta Mass Caliper - Mass Caliper Mode
Click Delta Mass Caliper Mouse icon
Caliber Toolbar and Caliper cursor appear
Add or edit Calipers
Calipers can only be placed where there is a signal and “snap” to closest ion
34
MassHunter Webinar Series
Delta Mass Caliper – Profile Options
•Only used on profile data
•Profile Peak to Peak will “snap” Caliper to profile peak apex
•Profile Point to Point will allow the user to position the Caliper to any point
35
MassHunter Webinar Series
Let’s take another
moment for chat
questions on
Annotations
Up Next:
Demo
Up Next:
Reporting
Print a Report from Qualitative Analysis
Print Qualitative Reports:
•Directly from menu.
•Indirectly from Automation
•File Open Actions
•Worklist Automation
•Covered in the
Familiarization Guides.
38
MassHunter Webinar Series
Report Generation Options
39
MassHunter Webinar Series
Common Reporting Options
Excel Based Reporting
Uses xltx files
40
MassHunter Webinar Series
Common Reporting Options
PDF Based Reporting
Uses xslt files
New to Qualitative Analysis
B.07.00 SP1
41
MassHunter Webinar Series
Compound Report Options
42
MassHunter Webinar Series
Tools
Open data
files
Close data
file
Save
results to
data files
Qualitative
Analysis
Report
Choose
defined
color
Show all items (relates to
Data Navigator)
Linked
Navigation
43
MassHunter Webinar Series
Tools
Data
Navigator
Method
Explorer
Method
Editor
Chromatogram
Results
Spectrum
Preview
Sample
Information
Spectrum
Results
Structure
Viewer
Compound
Identification
Results
Compound
List
MS
Actuals
Integration Peak
List
Difference
Results
MS
Spectrum
Peak List
1 & 2
Spectrum
Identification
Results
44
MassHunter Webinar Series
Saving Data Files and Opening Data Files
Open data
files
Save
results to
data files
45
MassHunter Webinar Series
File Save Options -The Results File
46
MassHunter Webinar Series
Default is
Save
Minimal.
• Save minimal – only the compound level nodes are saved. No
spectra or compound chromatograms are saved. If you open
again, you will need to re-extract the complete result set.
• Save complete – all compound results are saved including
spectra and chromatograms.
• In this example, all the User Chromatograms, User Spectra and
Background Spectra are saved.
The Results File
47
MassHunter Webinar Series
• The results file is saved within
the data file as QualResult.bin.
• A copy of the qualitative analysis
method is also saved.
• Only one results file and method
can be saved.
• The results file is easily loaded
with the data file.
• Complete data archival.
Let’s take a few
moments for questions
on Reporting.
Up Next:
Demo on Reporting
Up Next:
Training Resources
Training Resources
2/1/2018
MassHunter Webinar Series
50
Training resources that are available.
© 2015 Agilent Technologies All Rights Reserved
51
Introducing Agilent University
Upgraded customer experience:
• Search and find courses that meet
your interests and needs in the format
they require
Introduce new eLearning
capabilities:
• Recorded and video-based learning
• Virtual online classes
Expanded portfolio:
• Foundational subjects
• Intermediate subjects
• Advanced subjects
• Workflow and applications
Helping customers:
• Educate your employees on Agilent
instruments and software
• From new hires to the most seasoned
scientists
Collaborate - Ask and answer questions.
Connect - Interact with other Agilent users.
Discover - Find relevant discussions, documents, and
videos
Share - Contribute your insights
Agilent Community
community.agilent.com
Get answers. Share insights. Build connections.
Questions on today’s material…
Thank you for your attention.
MassHunter Qualitative Analysis
Podobná PDF
Klíčová slova
Klíčová slova
Klíčová slova
