LC/MS, GC/MS Data Analysis Software - Multi-omics Analysis Package

Význam tématu

V oblasti metabolomiky, proteomiky a flux analýzy se generují obrovská množství dat z hmotnostní spektrometrie. Efektivní softwarové nástroje urychlují interpretaci těchto dat, usnadňují vizualizaci metabolických drah a podporují výzkum v biotechnologii, farmacii a potravinářství.

Cíle a přehled článku

Popisuje Multi-omics Analysis Package od Shimadzu, které integruje data z různých omických oborů. Hlavním cílem je automatizovat tvorbu metabolických map, statistickou analýzu a identifikaci klíčových metabolitů, čímž zkracuje čas potřebný k vyhodnocení výzkumných experimentů.

Použitá metodika a instrumentace

Software podporuje import dat z:

• LC-QTOF/MS
• LC-MS/MS
• GC-MS/MS

Pro analýzu dat využívá moduly (gadgets) dostupné na otevřené platformě GARUDA, včetně Volcano Plot, EasyStats, VANTED a Cytoscape.

Hlavní výsledky a diskuse

Uživatelé mohou:

• Snadno promítat kvantitativní změny látek na interaktivní metabolické mapy.
• Porovnávat skupiny vzorků pomocí volcano plotů a PCA.
• Integrovat výsledky hierarchického klasifikačního stromu s box ploty pro identifikaci zásadních sloučenin.

Ukázkové aplikace zahrnují analýzu lipidových mediatorů v lidské plazmě, sledování časového profilu metabolitů v kultivacích iPS buněk a analýzu žlučových kyselin v krvi a stolici.

Přínosy a praktické využití metody

• Redukce manuální práce spojené s grafickou prezentací dat.
• Zrychlená identifikace významných biomarkerů.
• Modulární šablony usnadňují nasazení v rutinní laboratoři.
• Podpora oborů od funkčně obohacených potravin po vývoj nových léčiv.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozšíření metodických šablon pro nové skupiny metabolitů, integrace s AI-podporovanou detekcí vzorů a propojení s databázemi genomických a proteomických dat. Další vývoj platformy GARUDA a open-source nástrojů přispěje k flexibilnějším workflow.

Závěr

Multi-omics Analysis Package je komplexní software, který významně zjednodušuje a urychluje analýzu dat z hmotnostní spektrometrie napříč omickými obory. Díky intuitivnímu rozhraní, přizpůsobitelným šablonám a pokročilým statistickým modulům je vhodný jak pro výzkumné laboratoře, tak pro průmyslové aplikace.

Reference

• Shimadzu Application News 01-00250: Analýza lipidových mediatorů
• Shimadzu Application News C209: Profilování buněčných kultur
• Shimadzu Application News 01-00196: Metoda pro žlučové kyseliny