Affinity Screen: Screening libraries within minutes made possible

Význam tématu

Affinity Selection Mass Spectrometry (AS-MS) umožňuje rychlou a přesnou detekci interakcí mezi proteiny a ligandy v komplexních biologických vzorcích. Tato metoda je zásadní pro vývoj nových léčiv a diagnostických testů, protože dokáže v krátkém čase zpracovat velké knihovny látek a odhalit slibné kandidáty na vazbu.

Cíle a přehled článku

Autoři představují software Affinity Screen, který usnadňuje analýzu AS-MS dat. Mezi hlavní cíle patří:

• Automatizace datového workflow od importu LC-MS dat po závěrečné vyhodnocení.
• Podpora multiplexního screeningu až 200 ligandů v jedné studii.
• Zvýšení přesnosti a reprodukovatelnosti výsledků eliminací manuálních kroků.

Použitá metodika a instrumentace

Analytické kroky zahrnují detekci a roztřídění dat, přiřazení hmotnostních píků a vyhodnocení schopnosti ligandu vázat cílový protein. Software pracuje nad standardními LC-MS formáty v prostředí Mnova a Mnova Gears. Klíčové komponenty:

• LC-MS spektrometrie pro získání surových dat o molekulárních hmotnostech.
• Software Mnova pro zpracování a vizualizaci chromatogramů.
• Platforma Mnova Gears umožňující nízko-kódovou automatizaci a integraci s laboratořními informačními systémy.

Hlavní výsledky a diskuse

Implementace Affinity Screen vedla k výraznému zkrácení doby analýzy a snížení chyb způsobených manuálními kroky. Klíčové poznatky:

• Automatizované přiřazování píků na základě molekulární formule, SMILES nebo hmotnosti z CSV vstupu.
• Rychlé generování EIC pro každý ligand a vyhodnocení vazebného poměru.
• Interaktivní řídicí panely s přehlednými výstrahami a možností přehodnocení podezřelých dat bez nutnosti opakovat experiment.

Přínosy a praktické využití metody

Affinity Screen nabízí laboratorním týmům následující výhody:

• Eliminace časově náročné manuální analýzy LC-MS souborů.
• Zvýšení reproducibility výsledků díky centralizované kontrole a automatickému verzování dat.
• Možnost okamžitého odhalení slibných ligandů a urychlení přechodu k validačním experimentům.

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekávané směry rozvoje technologie zahrnují:

• Integraci umělé inteligence pro pokročilé prediktivní modelování protein-ligand interakcí.
• Rozšíření multiplexního screeningu za hranici 200 ligandů díky paralelizaci a cloudovým výpočtům.
• Větší přizpůsobení workflow pomocí vlastních skriptů a API pro propojení s LIMS a dalšími datovými platformami.

Závěr

Affinity Screen představuje komplexní řešení pro vysokokapacitní AS-MS screeningy, které významně snižuje pracovní nároky a zvyšuje kvalitu dat. Díky automatizaci, interaktivním nástrojům a flexibilnímu prostředí je ideální volbou pro výzkumné a průmyslové laboratoře zaměřené na objevování nových terapeutik.

Reference

V původním textu nebyly uvedeny žádné literární odkazy.