CHRONECT Proteomics Workstation

Význam tématu

Proteomika vyžaduje spolehlivou a reprodukovatelnou přípravu vzorků před hmotnostně spektrometrickou analýzou. Automatizace tohoto procesu minimalizuje chyby, zkracuje dobu přípravy a zvyšuje průchodnost laboratoří.

Cíle a přehled studie / článku

Tento text představuje systém CHRONECT Workstation Proteomics, vyvinutý spoluprací Max-Delbrück-Centra a firmy Axel Semrau®. Cílem je popsat standardizovanou metodu automatizovaného štěpení proteinů a extrakce peptidů v roztoku i v gelu a demonstrovat výhody plně automatizovaného pracovního postupu.

Použitá metodika a instrumentace

• Redukce disulfidových vazeb pomocí TCEP po dobu 30 minut
• Alkylace sulfhydrylových skupin pomocí CAA po dobu 20 minut
• Enzymatické štěpení: Lys-C (3 hodiny) a trypsin (10 hodin)
• Neutralizace štěpení přidáním TFA

• In-solution digest: denaturace, redukce, alkylace a enzymatické štěpení v roztoku
• In-gel digest: příprava gelových pásů, intenzivní promývání, redukce, alkylace a enzymatické štěpení přímo v gelu

Použitá instrumentace a software:

• RTC PAL robotický systém
• Vakuová miska pro in-gel digest s připojením na vakuovou pumpu
• CHRONOS software s předinstalovanými metodami
• Datový systém pro řízení procesu
• SOP protokoly od Max-Delbrück-Centra

Hlavní výsledky a diskuse

Automatizovaný postup dosahuje vysoké reprodukovatelnosti štěpení proteinů a extrakce peptidů. Eliminace manuálních kroků snižuje riziko kontaminace a chyb. Software CHRONOS optimalizuje časový průběh a zvyšuje využití robotického systému.

Přínosy a praktické využití metody

• Zvýšení kapacity laboratoří středního rozsahu
• Minimalizace rizika kontaminace
• Flexibilita a snadné přizpůsobení různým typům vzorků
• Odkazuje na ověřené postupy prestižního výzkumného centra

Budoucí trendy a možnosti využití

Plánuje se integrace modulů pro post-digestní čistění a přímé propojení s LC-MS technikami. Uplatnění strojového učení pro optimalizaci enzymatických kroků a real-time monitoring procesů přispěje k dalšímu zvýšení efektivity.

Závěr

CHRONECT Workstation Proteomics nabízí komplexní řešení automatizace přípravy proteomických vzorků. Kombinace robotiky, specializované instrumentace a softwaru přináší vysokou kvalitu dat, opakovatelnost a efektivitu, klíčové pro moderní proteomické laboratoře.

Reference

• Axel Semrau GmbH & Co. KG. CHRONECT Workstation Proteomics, Product Information, 2017.
• Max-Delbrück-Centrum für molekulare Medizin, Helmholtz-Gemeinschaft, SOP pro automatizovaný proteinový digest.