Biochemik Jan Konvalinka se zabývá úlohou proteas v regulaci biologických procesů a studiem medicinálně zajímavých enzymů. Soustředil se zejména na výzkum proteinů viru HIV, zejména virové proteázy, která je zodpovědná za dozrávání a šíření viru, a dále na výzkum neuropeptidas a nádorových antigenů prostaty.

Společně s vědci z UOCHB AV ČR, Přírodovědecké fakulty UK a Univerzity v Heidelbergu se mu podařilo vyřešit jeden z klíčových problémů studia životního cyklu viru HIV, tj. synchronizaci virové kultury. Je autorem více než 90 původních vědeckých prací v mezinárodních časopisech. Za svou vědeckou činnost získal řadu ocenění. Je členem Učené společnosti České republiky.

Docent Jan Konvalinka je vedoucí týmu Proteasy lidských patogenů Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR. Přednáší na Přírodovědecké fakultě a je prorektorem pro vědu Univerzity Karlovy.