Milí zákazníci,
k Vánocům pro vás máme dárek s názvem FreeLAB - inovativní open source projekt pro vaši laboratoř umožňující automatický sběr dat nejen z přístrojů Agilent Technologies. Chceme vám umožnit lépe nahlížet na vaše data, odhalit souvislosti, dát možnost zapomenout na psaní laboratorního deníku a získat statistické údaje o analýzách napříč laboratoří. Pomocí automatického parseru lze importovat také konečné analytické výsledky. A to není zdaleka vše!
FreeLAB, je open source webová aplikace provozována v interní síti laboratoře, která se primárně zaměřuje na sběr dat z různých laboratorních softwarů s cílem umožnit uživatelům přístup k přehledné statistice analýz a dalším užitečným funkcím poptávaným přímo analytiky v laboratořích. Je vytvořena společností HPST, s.r.o., a je distribuována pod licencí GNU GPL.
<h3>Funkce:</h3>
<ul>
<li>Statistika analýz pro přístroje a projekty</li>
<li>Interní publikační systém (Wiki)</li>
<li>Inventář chemikálií, standardů, kolon a vybavení</li>
<li>Sdílený laboratorní kalendář</li>
<li>Automatický parser dat txt, csv, xml,...</li>
<li>Neomezené možnosti customizace</li>
</ul>
Více informací, demo a možnost stažení naleznete na na <a href="https://freelab.hpst.cz">webu freelab</a>
<h3>Výchozí podpora SW</h3>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/648938502b2c47d9a2c609955dad5259/obrazek.png" alt="Open Source LIMS FreeLAB"/>
<ul>
<li>OpenLAB CDS 2.x</li>
<li>OpenLAB ChemStation</li>
<li>MassHunter for GCMS</li>
<li>Third Party SW (via Automatic Parser)</li>
</ul>
Případné dotazy nám prosím napište na <a href="https://community.hpst.cz/t/freelab-general">forum</a> projektu FreeLAB nebo emailem na michal.novotny@hpst.cz
Tým HPST, s.r.o.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/f2744a456ff346ac933abf0c1fb8bad2/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Example Network Scheme"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/056eb8bc84d84342b049ea70b627a5d1/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/608ee2c12c8842139b317bfa5017bb38/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/9022a774c97142b2b6fa1684a0fc9f5c/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/15c967ad6e4b4d8398f591f5a0270386/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/23f6f26c3dc5455faf3f30f7643551ea/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/9c512f0d098945b18ea9f303a06a70c0/obrazek.png" alt="HPST: Open Source LIMS FreeLAB - Basic Administration"/>

Open Source LIMS od HPST, s.r.o.

Software, který pomáhá vědcům z celého světa urychlit práci a usnadnit cestu k vlastním objevům, expanduje z badatelské do komerční sféry. <a href="https://lcms.cz/articles?search=Tom%C3%A1%C5%A1+Pluskal">Dr. Tomáš Pluskal</a>, který vede v <a href="https://lcms.cz/companies/62">ÚOCHB</a> vlastní <a href="https://pluskal.group.uochb.cz/cs">vědeckou skupinu</a>, spolu s dalšími kolegy založili firmu mzio. Navazují tím na velmi úspěšný a dosud dobrovolnický projekt MZmine, který urychluje a zjednodušuje interpretaci biologických a chemických analýz a do něhož přispívají výzkumníci z celého světa.
Společnost <a href="https://mzio.io/">mzio</a> nabízí software, který dokáže najednou zpracovat data ze všech typů přístrojů využívaných v laboratořích hmotnostní spektrometrie. V současnosti se tyto technologie rozvíjejí raketovým tempem a dat získaných jejich prostřednictvím přibývá. Využít tyto informace je ovšem čím dál složitější. Každý přístroj totiž pracuje s jiným formátem a uspořádáním dat a výzkumné týmy tak musejí pochopit a zvládnout řadu softwarových nástrojů pro jejich interpretaci. Projekt mzio s nabídkou jediného univerzálního nástroje pro ně proto znamená významné ulehčení.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Od_vedeckeho_projektu_ke_globalnimu_byznysu_Firma_mzio_se_snazi_zlepsit_analyzu_dat_v_laboratorich_hmotnostni_spektrometrie_Tym_mzio_zleva_Dr_Tomas_Pluskal_Dr_Robin_Schmid_ed2f73c896.jpg" alt="ÚOCHB: Tým *mzio* (zleva): Dr.Tomáš Pluskal, Dr. Robin Schmid, Dr. Ansgar Korf, Dr. Steffen Heuckeroth a Ludger Rothues."/>
Vedení mzio má k dispozici analýzy, ze kterých vyplývá, že celosvětově vydávají pracoviště hmotnostní spektrometrie za software zhruba 300 milionů dolarů ročně. Podle Tomáše Pluskala je reálné, že si jejich firma z tohoto koláče ukousne nezanedbatelnou část.
„Naše firma je ukázkou úspěšného propojení akademického prostředí a komerce. Vývoj softwaru MZmine průběžně publikovaly renomované vědecké časopisy, včetně Nature Biotechnology a Nature Communications. S orientací v biotechnologickém byznyse nám zase hodně pomohlo inovativní centrum při ÚOCHB i&amp;i Prague, které pomáhá nadějným vědeckým objevům na svět,“ říká Tomáš Pluskal.
<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/UOCHB_Od_vedeckeho_projektu_ke_globalnimu_byznysu_Firma_mzio_se_snazi_zlepsit_analyzu_dat_v_laboratorich_hmotnostni_spektrometrie_mzio_6727f00493.jpg" alt="ÚOCHB: Od vědeckého projektu ke globálnímu byznysu. Firma *mzio* se snaží zlepšit analýzu dat v laboratořích hmotnostní spektrometrie."/>
<a href="https://mzio.io/">Společnost mzio</a> kromě něj zakládají další tři kolegové. Robin Schmid a Steffen Heuckeroth přicházejí přímo z akademického prostředí, zatímco výkonný ředitel mzio Ansgar Korf přišel z firmy vyrábějící hmotnostní spektrometry. Kromě toho vstoupil do vedení firmy i hlavní investor, německý obchodník s realitami Ludger Rothues.
V rámci svých služeb nabízí mzio kromě samotného softwaru MZmine i uživatelskou podporu a konzultace. Pro zákazníky z akademického prostředí je ovšem celý balíček stále zdarma a také zdrojové kódy softwaru zůstávají otevřené průběžným úpravám nadšených dobrovolníků. Vědci z celého světa tak mají i dál šanci využívat tento nástroj ke zpracování, analyzování a porovnávání gigabajtů dat o molekulách naměřených pomocí hmotnostní spektrometrie.
<blockquote>
Web společnosti mzio: <a href="https://mzio.io/">mzio.io</a>
</blockquote>

Od vědeckého projektu ke globálnímu byznysu. Firma mzio se snaží zlepšit analýzu dat v laboratořích hmotnostní spektrometrie

<ul><li>Peakintelligence pro GCMS, který je volitelným modulem v software LabSolutions Insight™ DB GCMS, dokáže rychle a efektivně provádět přesnou integraci píků.</li><li>Peakintelligence pro GCMS eliminuje závislost na operátorech díky uživatelskému rozhraní bez nutnosti zadávaní parametrů.</li></ul><h3>Úvod</h3>Mezi řadou úloh pro chromatografy patří integrace píků, u které je často obtížné zjistit, zda je zvolena vhodně, či nikoli. Většina obecných metod nebo oficiálních analytických dokumentů jen zřídka definuje striktní pravidlo pro integraci píků. Většinou z nich vyplývá, že integraci píků by měla provádět osoba, která má odpovídající zkušenosti a analytickou morálku. Integrace píků proto může být procesem, u něhož existuje riziko, že nebude dostatečně analytický objektivní.Navíc při simultánní analýze vekého množství analytů, která je v posledních letech stále populárnější, analytici často při vyhodnocování mnoha píků trpí. Ačkoli většina chromatografických softwarů má funkci automatické detekce píků, optimalizace parametrů je někdy stejně náročná jako samotná ruční integrace píků.Peakintelligence pro &nbsp;GCMS je volitelný software pro LabSolutions Insight DB GCMS, který se snaží přiblížit způsobu integrace píků zkušenými analytiky. Je zcela nezávislý na osobě analytického chemika, protože neobsahuje žádné parametry pro integraci píků.&nbsp;V tomto reportu byl zmíněný software využit pro zpracování dat z <a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.labrulez.com/library?instrumentationItems=4-3-15&amp;mainauthorItems=1&amp;search=pesticides">GC-MS/MS analýzy pesticidů</a> a porovnán s běžnou integrací píků. Výsledek byl přínosný a bylo dosaženo přesnější integrace píků.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Provozni_prostredi_7a0b2c1959.jpg" alt="Shimadzu: Parametry software" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Provozni_prostredi_7a0b2c1959.jpg 245w," sizes="100vw" width="917" height="422"><h3>Chyby při automatické integraci píků</h3>Konvenční automatická integrace píků pracuje bez optimalizace parametrů pro píky, které mají dostatečnou výšku. (Obr. 1)<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_1_Vysledek_integrace_piku_ktery_ma_dostatecnou_vysku_39896ee2d9.jpg" alt="Shimadzu: Obr. 1 Výsledek integrace píku, který má dostatečnou výšku" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_1_Vysledek_integrace_piku_ktery_ma_dostatecnou_vysku_39896ee2d9.jpg 245w," sizes="100vw" width="902" height="368">Na druhou stranu se někdy objevuje výsledek integrace píků jako na obr. 2, a to zejména u malých píků. I když tento problém není kritický, počáteční bod integrace by měl být dříve.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_2_Vysledek_integrace_maleho_piku_99ad0c6258.jpg" alt="Shimadzu: Obr. 2 Výsledek integrace malého píku" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_2_Vysledek_integrace_maleho_piku_99ad0c6258.jpg 245w," sizes="100vw" width="898" height="415">Je to proto, že parametr, který definuje počáteční bod píku, není plně optimalizován, zejména pokud jsou píky značně malé.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_3_Parametry_integrace_piku_v_aplikaci_Chromatpack_cd025b52dd.jpg" alt="Shimadzu: Obr. 3 Parametry integrace píků v aplikaci Chromatpack" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_3_Parametry_integrace_piku_v_aplikaci_Chromatpack_cd025b52dd.jpg 245w," sizes="100vw" width="934" height="488">Úprava tohoto parametru pro menší píky však způsobuje, že celková integrace píku je zmatená, protože oscilace úrovně šumu byly detekovány jako píky, což vede k chybné identifikaci, jak je znázorněno na obr. 4.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_4_Vysledek_integrace_pri_nizkem_parametru_Slope_7c4f47486d.jpg" alt="Shimadzu: Obr. 4 Výsledek integrace při nízkém parametru Slope" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_4_Vysledek_integrace_pri_nizkem_parametru_Slope_7c4f47486d.jpg 245w," sizes="100vw" width="939" height="388">Integrační parametry jsou tedy užitečné pro automatickou integraci, pokud jsou pečlivě optimalizovány. Samotná optimalizace však někdy zabere hodně času.<h3>Automatická integrace píků bez parametrů</h3>Peakintelligence for GCMS se zbavuje všech nastavení parametrů pomocí algoritmu AI. (Obr. 5)&nbsp;S tímto bezparametrickým uživatelským rozhraním většinou zmizí rozdíly ve výsledcích mezi analytiky.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_5_Okno_nastaveni_parametru_v_aplikaci_Peakintelligence_pro_GCMS_Peakintelligence_for_GCMS_neslouzi_k_uceni_zpusobu_integrace_4bf78ed9a3.jpg" alt="Shimadzu: Obr. 5 Okno nastavení parametrů v aplikaci Peakintelligence pro GCMS. Peakintelligence for GCMS neslouží k učení způsobu integrace" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_5_Okno_nastaveni_parametru_v_aplikaci_Peakintelligence_pro_GCMS_Peakintelligence_for_GCMS_neslouzi_k_uceni_zpusobu_integrace_4bf78ed9a3.jpg 245w," sizes="100vw" width="939" height="483"><h3>Srovnání s konvenční metodou</h3>Byly porovnány konvenční metoda integrace píků a Peakintelligence for GCMS. Jak již bylo popsáno dříve, je obtížné definovat vhodnou či nevhodnou integraci. Proto někteří zkušení analytičtí inženýři posuzují výsledek integrace a vypočítávají poměr „vhodné“ a „nevhodné“. Údaje pocházely z naší databáze GC/MS reziduálních pesticidů, která se zaměřuje na 471 pesticidů. Každý údaj má dva chromatogramy, které jsou kvantifikačním iontem a referenčním iontem pro každou sloučeninu, vyhodnoceny byly dva údaje z tohoto souboru údajů, který obsahuje 1884 chromatogramů. Výsledek je uveden v tabulce 1.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Tab_1_Vysledek_integrace_piku_1884_chromatogramu_f3cff8d545.jpg" alt="Shimadzu: Tab. 1 Výsledek integrace píků (1884 chromatogramů)" srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Tab_1_Vysledek_integrace_piku_1884_chromatogramu_f3cff8d545.jpg 245w," sizes="100vw" width="889" height="376">Ačkoli téměř 90 % chromatogramů bylo „vhodně“ integrováno i v Chromatopacku, mnohem lepšího výsledku bylo dosaženo v Peakintelligence pro GCMS.<h3>Srovnání času s konvenční metodou</h3>Časová náročnost zpracování integrace byla porovnána s konvenční metodou. Nevhodnou integraci píků, jak je znázorněna na obr. 2, musí analytici ručně &nbsp;špatné výsledky opravit. V tomto případě bylo v aplikaci Chromatopack nevhodně integrováno 204 chromatogramů, resp. 34 chromatogramů v aplikaci Peakintelligence for GCMS. Čím méně nevhodně integrovaných chromatogramů bylo získáno, tím méně času zabere zpracování dat.<img src="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_6_Schematicky_obrazek_casove_narocnosti_pro_integraci_piku_509a5df5ec.jpg" alt="Shimadzu: Obr. 6 Schematický obrázek časové náročnosti pro integraci píků." srcset="https://storage.googleapis.com/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/thumbnail_Casove_usporne_zpracovani_dat_pro_zbytky_pesticidu_pomoci_Peakintelligence_pro_GCMS_Obr_6_Schematicky_obrazek_casove_narocnosti_pro_integraci_piku_509a5df5ec.jpg 245w," sizes="100vw" width="840" height="510"><h3>Shrnutí</h3>Náhodné rozdíly ve výsledcích mezi analytiky lze pomocí Peakintelligence for GCMS technicky vyloučit. Kromě toho zkracuje čas na zpracování dat a dosahuje vyšší efektivity.<h3>Výběr dalšího obsahu pro řešení Peakintelligence pro GCMS od Shimadzu</h3><ul><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/an_01_00585_en_7e311a3c77/an_01-00585-en.pdf">Time-saving data processing for pesticide residues with Peakintelligence for GCMS</a> (Aplikace | 2023)</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/c146_e460_5224f7f5fb/c146-e460.pdf">Peakintelligence for GCMS (Peak Integration Software for LabSolutions Insight)</a> (Ostatní | 2022)</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/an_01_00671_en_8de28d130b/an_01-00671-en.pdf">Simultaneous Analysis of Pesticides in Water Using GCMS-QP2050 and AI Peak Integration</a> (Aplikace | 2024)</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/an_01_00719_en_2381501c1c/an_01-00719-en.pdf">GC/MS Metabolomics with Automated Sample Preparation and Measurement followed by AI- assisted Data Analysis and Discussion</a> (Aplikace | 2024)</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/Secrets_of_Science_02_2024_EN_a92b89f039.pdf">Secrets of science magazine 02/2024</a> (Ostatní | 2024)</li><li><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/labrulez-bucket-strapi-h3hsga3/WP_257_SAP_Elvi_Horiyanto_12ce1ed1d6.pdf">Analysis of Volatile Organic Compounds in Water Using Dynamic Headspace-GCMS in Accordance with US EPA Method 8260D</a> (Postery | 2024 | (ASMS))</li></ul><h5>Webinář: AI-Driven Data Analysis: Get 4x Higher Efficiency with Shimadzu GCMS Peakintelligence™</h5><div><div><ul><li><div>ZÁZNAM | Proběhlo Čt, 14.12.2023</div></li><li><div><a target="_blank" rel="noopener noreferrer" href="https://gcms.cz/webinar/3204">Registrace</a></div></li></ul></div>Připojte se k nám a prozkoumejte sílu analýzy dat řízené umělou inteligencí prostřednictvím systému Peakintelligence™ pro GCMS od společnosti Shimadzu.</div>

Časově úsporné zpracování GC-MS/MS dat pro analýzu pesticidů pomocí Peakintelligence™ pro GCMS

Webináře

Aplikace

Akademie

Osobnosti

Plasty

Životní prostředí

Potraviny

Vody

Zdraví

Přednáška

Vědecký článek

Rozhovor

Toxikologie

Popularizace

Věda a výzkum

Software

Covid-19

Kariéra

Article

Video

Článek

Laboratoře

Různé

Produkt

Poster

Nejbližší akce

Typ novinky

Zaměření

Je autorizovaným distributorem společnosti Agilent Technologies pro Českou republiku v oblastech chromatografie (GC, HPLC, UHPLC, kapilární elektroforéza) a hmotnostní spektrometrie (GC/MS, LC/MS, CE/MS), disolučních aparátů, molekulární (UV-Vis, UV-Vis-NIR, fluorescence, FTIR analyzátory a mikroskopy) a atomové spektroskopie (ICP-OES, ICP-MS, AAS), a v neposlední řadě také v oblasti molekulární biologie a genomiky (analýza nukleových kyselin a proteinů, microarray skenery a skla, PCR & RT-PCR, qPCR, řešení pro NGS, reagencie pro mutagenezi a klonování, sondy FISH a další).

Altium International

ÚOCHB AV ČR je přední mezinárodně uznávaná vědecká instituce, jejímž hlavním posláním je základní výzkum v oblasti chemické biologie a medicinální chemie, organické a materiálové chemie, chemie přírodních látek, biochemie a molekulární biologie, fyzikální chemie, teoretické chemie a analytické chemie.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR

Naším posláním je šířit informace o produktech firmy Shimadzu v oblasti instrumentálních analytických přístrojů, přístrojů pro testování materiálů a speciálních přístrojů pro life science, jejich prodej a následně - instalace, zaškolení, záruční a pozáruční servis, ověřování a validace a aplikační podpora.

SHIMADZU Handels GmbH - organizační složka

Waters seminář VIZE 2024

Waters Softwarové školení Empower Basic

Waters Softwarové školení Empower Advanced

Správné VZORKOVNICE jsou základem našich úspěšných analýz

PFAS: Navigating regulations, challenges, risk management and testing in the food supply chain

Raw Material Identification in Pharmaceutical Application

GCMS novinky se zaměřením na software | LabRulez GCMS