MIDI Sherlock E-FAME Libraries

Význam tématu

Analýza mastných kyselin jako metody identifikace mikroorganismů hraje klíčovou roli v diagnostice, kvalitativní kontrole a mikrobiálním výzkumu. Správný výběr růstových médií významně ovlivňuje kvalitu izolovaných biomarkerů. Sherlock E-FAME knihovny představují soubor referenčních profilů mastných kyselin, které po kultivaci na specifických médiích umožňují přesnou identifikaci širokého spektra bakterií.

Cíle a přehled studie

Hlavním cílem bylo zhodnotit schopnost růstu více než 450 druhů a kmenů mikroorganismů na dvou pevných médiích: EBA1 (agar z krve) a ETSA1 (TSA agar) při 30 °C. Studie mapuje pokrytí různých rodů a druhů, včetně patogenních i environmentálních bakterií, a testuje jejich použitelnost pro následnou FAME analýzu.

Použitá metodika a instrumentace

Pro kultivaci byly použity standardní postupy:

• inkubace při 30 °C na médiu EBA1 (agar s 5 % krve) a ETSA1 (Tryptic Soy Agar);
• dobrá viditelná růstová kolonie umožňuje extrakci a derivatizaci mastných kyselin;
• analýza profilů prováděná na systémě Sherlock Microbial Identification System (MIDI) pomocí plynové chromatografie.

Hlavní výsledky a diskuse

Většina testovaných druhů vykazovala dobrý růst na obou médiích, přičemž:

• EBA1 podporuje růst i u náročnějších patogenů (např. Bordetella pertussis, Haemophilus spp., Neisseria spp.), díky obohacení krví.
• ETSA1 zajišťuje širší spektrum pro saprofytické a průmyslové druhy (např. Pseudomonas, Bacillus, Staphylococcus).
• Řada environmentálních a laicky méně známých rodů (např. Methylobacterium, Microbacterium) roste spolehlivě na obou médiích, což zvyšuje univerzálnost knihoven.

Komplementarita médií umožňuje vyšší míru úspěšné identifikace a lepší pokrytí taxonomických skupin.

Přínosy a praktické využití metody

Metoda nabízí:

• rychlou a reprodukovatelnou identifikaci vysoce rozdílných bakterií;
• možnost standardizace rutinních protokolů v klinických, potravinářských a environmentálních laboratořích;
• vysokou citlivost vůči různým fyziologickým typům díky optimalizovaným rostúcím médiím.

Budoucí trendy a možnosti využití

Další rozvoj směřuje k:

1. rozšíření knihoven o kvasinky, plísně a anaeroby;
2. automatizaci přípravy a analýzy vzorků v rámci laboratoří s vysokou propustností;
3. integraci s bioinformatickými nástroji a umělou inteligencí pro zrychlenou interpretaci výsledků;
4. využití v monitoringu rezistence k antibiotikům a environmentálních studiích.

Závěr

Testování Sherlock E-FAME knihoven na médiích EBA1 a ETSA1 potvrdilo jejich vzájemnou doplňkovost a široké spektrum aplikací. Kombinace obou médií zajišťuje komplexní pokrytí klinicky i environmentálně významných druhů a podporuje spolehlivou identifikaci pomocí FAME analýzy.