Agilent G3835AA MassHunter Mass Profiler Professional Software - Familiarization Guide

Význam tématu

Masová spektrometrie produkuje velké objemy dat, která vyžadují robustní chemometrické postupy pro odhalení vzájemných vztahů mezi vzorkovými skupinami a proměnnými. Agilent Mass Profiler Professional (MPP) umožňuje pokročilou statistickou analýzu, vizualizaci a integraci identifikace sloučenin i analýzy metabolických drah. Platforma podporuje různé typy MS (GC/MS, LC/MS, CE/MS, ICP-MS) i NMR a významně usnadňuje kvalitativní i kvantitativní studie v oblastech metabolomiky, proteomiky, potravinářství a environmentální chemie.

Cíle a přehled studie

Cílem tutoriálu je seznámit uživatele s kompletním pracovním postupem v MPP na demonstračním projektu „Malaria LCMS ESI+ pH 7“. Kroky zahrnují vytvoření projektu a experimentu, import dat, definici parametrů, předzpracování, statistické testování, identifikaci sloučenin a uložení projektu.

Použitá metodika a instrumentace

• Instrumentace: Agilent MassHunter Workstation, Spectrum Mill, ChemStation, Mass Profiler Professional, ID Browser
• Import dat: soubory .cef z ukázkového adresáře
• Definice experimentu: nastavení parametrů (nezávislá proměnná „Infection“ s hodnotami Infected/Not Infected)
• Předzpracování: filtrování podle intenzity a hmotnosti, korekce retenční doby, zarovnání, normalizace, baseline
• Statistická analýza: filtrování podle přítomnosti/marginálních hodnot, frekvence, kvality vzorků, t-test (p
• Identifikace: MassHunter ID Browser propojený s databázemi BioCyc

Hlavní výsledky a diskuse

Po předzpracování a filtrování byly z 1 757 entit vybrány vysoce replikovatelné a relevantní sloučeniny s p < 0,05 a fold change > 2. Profilové grafy a tabulky frekvence odhalily soubor markerů rozlišujících infikované a neinfikované vzorky. Identifikace proběhla podle hmotnosti a retenční doby a byla doplněna anotací pomocí bioinformatických databází.

Přínosy a praktické využití metody

• Rychlá konfigurace projektů a experimentů
• Integrované workflow pro kompletní datovou agendu od importu po identifikaci
• Automatizace pravidelných úkonů a snížení variability výsledků
• Široké uplatnění v metabolomice, proteomice, potravinářské a environmentální analytice

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se rozšíření o strojové učení pro pokročilou klasifikaci a predikci, hlubší integrace s veřejnými databázemi, automatizované adaptivní workflow a nasazení AI-algoritmů pro interpretaci komplexních datových vzorů.

Závěr

Agilent Mass Profiler Professional představuje komplexní nástroj pro diferenční analýzu MS dat. Ukázkový tutoriál demonstroval celý proces od nastavení projektu přes statistické vyhodnocení až po identifikaci a archivaci, což potvrzuje jeho efektivitu a užitečnost v pokročilých aplikacích analytické chemie.

Reference

• Keseler I.M. et al. Nucleic Acids Research 39:D583-90 (2011).
• Caspi R. et al. Nucleic Acids Research 40:D742-53 (2012).