Agilent G3835AA MassHunter Mass Profiler Professional Software - Quick Start Guide

Význam tématu

Agilent MassProfiler Professional (MPP) je vyspělá platforma pro chemometrii navržená k plnému využití bohatých dat z hmotnostní spektrometrie. Díky integraci statistických nástrojů a vizualizací umožňuje odhalit vztahy mezi více skupinami vzorků napříč platformami GC/MS, LC/MS, CE/MS a ICP-MS. MPP usnadňuje identifikaci sloučenin, tvorbu prediktivních modelů a podporuje integrovanou biologii ve studiích metabolomiky, proteomiky a dalších komplexních aplikacích.

Cíle a přehled studie / článku

Průvodce vysvětluje první kroky při práci s MPP 14.9: aktivaci licence, registraci uživatele, orientaci v uživatelském rozhraní a vytvoření projektu a experimentu. Obsahuje instrukce k importu dat pomocí průvodce MS Experiment Creation Wizard, k základnímu statistickému zpracování (významový test, fold change) a k pokročilým úlohám prostřednictvím Workflow Browser.

Použitá metodika a instrumentace

Softwarové nástroje a integrace:

• MassHunter Workstation, Spectrum Mill, ChemStation pro předzpracování dat
• Podpora datových formátů GC/MS, LC/MS, CE/MS, ICP-MS a CEF
• Statistické moduly ANOVA, PCA, hierarchické klastrování, SOM, QT klastrování, Vennovy diagramy, normalitní testy
• Custom R-script integrace pro normalizaci a korelační analýzu
• Vytváření predikčních modelů a generování seznamů inkluze pro MS/MS analýzy

Hlavní výsledky a diskuse

Místo experimentu a příkladových dat „Malaria Demo“ průvodce ilustruje hladký tok od nastavení projektu přes import a organizaci dat po první diferenciální analýzu. Verze 14.9 přináší vylepšenou podporu logaritmicky transformovaných dat, rozšířenou Vennovu analýzu nad čtyřmi entitními seznamy a nové normality testy (Shapiro-Wilk, D’Agostino-Pearson). Integrace s GeneSpring umožňuje paralelní analýzu transcriptomických a metabolomických dat.

Přínosy a praktické využití metody

• Rychlá tvorba konzistentních prediktivních modelů pro rutinní klasifikaci vzorků
• Automatizovaná identifikace klíčových biomarkerů a generování inkluzních seznamů pro MS/MS
• Podpora komplexních studií přírodních produktů, potravin, životního prostředí, metabolomiky a proteomiky
• Možnost propojení s databázemi (NIST, Fiehn, BioCyc, KEGG) a integračního zpracování cest

Budoucí trendy a možnosti využití

Očekává se další rozvoj strojového učení v rámci MPP, rozšíření podpory cloudových pracovních postupů a hlubší propojení s bioinformatickými databázemi. Vzrůstající využití custom R-scriptů a modulů pro integraci multi-omických dat rozšíří možnosti integrované biologie a systemové analýzy.

Závěr

Agilent MassProfiler Professional představuje komplexní řešení pro diferenciální analýzu hmotnostně spektrometrických dat. Díky široké nabídce statistických nástrojů, podpoře různých MS platforem a integrované identifikaci i cestovní analýze usnadňuje objevování biomarkerů a prediktivních modelů v rozsáhlých experimentech.

Reference

• MassHunter Mass Profiler Professional Quick Start Guide, Agilent Technologies, 2017
• Caspi et al., Nucleic Acids Research 40:D742-53, 2012 (BioCyc)
• Kanehisa Laboratories, KEGG Database, http://www.genome.jp/kegg/